公司未缴纳社保的补缴，首先由公司向社保部门提交申请并承担责任。若存在劳动关系且公司未按时缴纳，员工可要求公司向当地社保经办机构申请补缴，公司需承担单位缴费部分及滞纳金。若公司拒绝补缴，员工可收集劳动合同、工资流水等证明材料，向劳动监察部门或社保征缴机构投诉，由行政部门责令限期补缴。若公司已注销或破产，补缴责任可能难以落实，员工需通过法律程序确认债权，或在破产清算中优先主张社保补缴费用。
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公司未缴纳社保的补缴过程中，需提前防范以下法律风险：
1、诉讼时效风险：员工若在知道未缴社保后超过1年未通过仲裁或投诉主张权利，公司可能以时效抗辩。例如小王2020年入职，2023年才发现公司未缴社保，申请仲裁时公司可能以“已过1年仲裁时效”为由拒绝，小王需举证时效中断（如曾向公司主张过权利），增加维权成本。
2、证据链断裂风险：缺乏直接证明劳动关系的材料可能导致补缴申请被驳回。例如小李工作3年未签劳动合同，工资现金发放无流水，社保部门可能要求先仲裁确认劳动关系，延长维权周期。
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关于公司未缴纳社保如何补缴，《中华人民共和国社会保险法》第六十三条有明确规定：“用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。”结合您的问题，公司作为用人单位未为员工缴纳社保属违法行为，社保征收机构有权责令限期补缴；若逾期不补缴，征收机构可查询存款账户、申请划拨费用，甚至申请法院强制执行。因此，您有权要求公司通过社保部门完成补缴，法律明确支持员工的社保补缴请求，公司需依法承担补缴义务及滞纳金。
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公司未缴纳社保的补缴处理可能受以下特殊情况影响，导致流程或结果差异：
1、公司已注销或破产：若公司在员工提出补缴前已注销或进入破产程序，补缴责任难以直接落实。此时员工需在破产清算期间向管理人申报社保债权，若公司资产不足以清偿全部债务，社保补缴费用将按债权比例受偿，可能无法全额补缴（如某公司破产后资产仅够支付工资，社保补缴可能无法实现）。
2、员工“灵活就业人员”身份争议：若公司主张员工为“非全日制用工”或“劳务关系”，将拒绝承担社保补缴责任。例如公司与员工签《劳务协议》，但员工实际每天工作8小时、接受考勤管理，需通过仲裁确认劳动关系性质，若认定为劳动关系，公司仍需补缴；若为劳务关系，则无法要求补缴。
3、社保系统操作限制：部分地区社保系统对跨年补缴有特殊规定，如要求提供税务部门工资申报记录或法院判决书，否则无法办理超过3年的补缴。例如员工要求补缴5年前社保，当地社保局可能以“系统无法录入历史数据”为由拒绝，需通过行政诉讼要求社保部门履行职责。

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